Grundsätzlich sind die Landespolizeien für die Verfolgung und Aufklärung von Straftaten zuständig. Das BKA nimmt jedoch in bestimmten Bereichen der internationalen und der schweren Kriminalität selbst Strafverfolgungsaufgaben wahr. Dabei wird es entweder aufgrund eigener (originärer) Ermittlungszuständigkeit oder aber aufgrund eines Auftrags tätig.
Eigene Ermittlungskompetenzen hat das BKA insbesondere in Fällen von
- international organisiertem ungesetzlichem Handel mit Waffen, Munition oder Sprengstoffen, Betäubungsmitteln, neuen psychoaktiven Stoffen oder Arzneimitteln, oder
- international organisierter Herstellung oder Verbreitung von Falschgeld sowie jeweils hiermit in Zusammenhang stehenden Taten einschließlich Geldwäsche,
- international organisiertem Terrorismus sowie in
- besonders schweren Fällen von Computersabotage.
Bei terroristischen Straftaten übernimmt das BKA die Strafverfolgung in der Regel im Auftrag des Generalbundesanwaltes beim Bundesgerichtshof (GBA). Ebenso in Fällen von Völkermord, Verbrechen gegen die Menschlichkeit und Kriegsverbrechen. Auch bei Entführungen und Geiselnahmen Deutscher im Ausland wird das BKA tätig, sofern eine zuständige Landespolizeidienststelle in Deutschland noch nicht feststeht.
Das BKA führt außerdem Ermittlungsverfahren in Fällen, in denen es wegen der Bedeutung des Falles vom Generalbundesanwalt, einer Staatsanwaltschaft oder dem Bundesminister des Innern beauftragt wird. Bedeutende Erpressungsfälle oder Wirtschaftsstraftaten mit hohem volkswirtschaftlichem Schaden - immer wieder ist in solchen Fällen zu lesen: "Das BKA hat sich eingeschaltet", "Das BKA hat die Fahndung übernommen" oder "Das BKA wurde durch die zuständige Staatsanwaltschaft mit den Ermittlungen beauftragt".